Jezioro Gołdap ma 4., przedostatnią klasę czystości. Powodem są szkodliwe składniki nawozów spływające z pól, a także nieoczyszczone ścieki. Miejskim władzom udało się pozyskać z Wojewódzkiego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej unijne fundusze, za które przeprowadzą rekultywację.
Rekultywacja zostanie zrealizowana za pomocą specjalnej glinki, która po rozmieszczeniu na powierzchni wody zacznie opadać, wiążąc szkodliwe substancje. W tym roku do jeziora ma trafić 150 ton glinki, w roku przyszłym działania mają być kontynuowane.